1月12日、13日，民航局再次对多架中外航班发出熔断指令。

报道称，1月5日入境的南航CZ(墨尔本至广州)确诊6例新冠肺炎旅客；由于CZ/航班(墨尔本至广州)为CZ/航班(悉尼至广州)的奖励航班，CZ航班将暂停2个航班，奖励航班CZ/将于1月24日起取消。1月5日入境的东航MU(法兰克福-上海)确诊7例新冠肺炎旅客；自1月24日起，该航班已暂停2个航班。1月7日入境的南航CZ(巴黎-广州)确诊新冠肺炎旅客11例；自2月14日起，该航班已暂停4个航班。1月8日入境的南航CZ(多伦多-广州)确认10名新冠肺炎旅客；1月10日入境的东航MU(巴黎-上海)确认有10名新冠肺炎乘客。自2月7日起，上述两个航班将继续停飞4个航班。吹飞量不得用于其他航线。

外航方面，1月4日入境的美国航空AA航班(达拉斯至上海)确诊7例新冠肺炎旅客；汉莎航空LH航班(法兰克福至上海)确诊8例新冠肺炎乘客。自1月24日起，上述两个航班(均于周二入境)已暂停两个航班。1月5日入境的加拿大航空公司AC航班(温哥华至上海)确诊5例新冠肺炎旅客；自2月14日起，AC航班(周三进入)将继续停飞2个航班。1月5日，美国达美航空公司DL航班(底特律至上海)确认9名新冠肺炎乘客；自1月24日起，DL航班(周三入境)已暂停2个航班。1月5日入境的埃及航空公司MS航班(开罗-杭州)确认5名新冠肺炎乘客；从1月31日起，该航班将继续暂停2个航班。1月7日，意大利航空公司Leos(米兰-天津)航班确诊13例新冠肺炎乘客。自2月7日起，该航班已暂停4个航班。吹飞量不得用于其他航线。

民航局要求各航空公司在当地使领馆的指导下，做好后续航班的旅客安抚、退票等服务。